Desa Salamerta awalnya merupakan wilayah Kademangan, yaitu Kademangan Tirta Yudha dan Kademangan Rengka Yudha. Pada suatu ketika ada utusan Keraton Solo yang diutus untuk datang ke Kademangan Tirta Yudha dan Kademangan Rengka Yudha dalam rangka menyampaikan kabar atau berita, namun kabar yang disampaikan salah (Salah Warta). Dari kesalahan berita (Salah Warta) tersebut menjadi asal mula munculnya nama "Salamerta".
Kemudian dalam perkembangannya Kademangan Tirta Yudha menjadi Kelurahan Salamerta Kulon, dan Kademangan Rengka Yudha menjadi Kelurahan Salamerta Wetan. Hingga kemudian pada tahun 1945 Kelurahan Salamerta Kulon dan Salamerta Wetan disatukan menjadi Desa Salamerta dan yang menjabat Kepala Desa/Lurah pertama adalah Kertawidjaya kemudian dilanjutkan oleh Wiryadijaya, dan pada masa setelah kemerdekaan dipimpin Eyang Purwadijaya yang menjabat kurang lebih selama 32 (tiga puluh dua) tahun.
Kemudian kepemimpinan Desa Salamerta setelah Eyang Purwadijaya secara berurutan dilanjutkan oleh Bapak Asir Ma'rufi, Bapak Amin Suyitno, Bapak Suswadi, Bapak Abdul Jalal, Ibu Endang Purwanti dan saat ini dipimpin oleh Bapak Nasro yang merupakan Kepala Desa terlantik periode 2019 sampai dengan tahun 2025.